เป็นเรื่องราวของวานรที่ได้รับการพัฒนายีนซึ่งนำโดยซีซาร์ พวกมันถูกรุกรานจากกลุ่มมนุษย์ที่รอดชีวิตจากไวรัสที่แพร่กระจายตัวเมื่อ 10 ปีก่อน พวกเขาอยู่บนความสงบสุขที่เปราะบาง แต่มันได้พิสูจน์ให้เห็นถึงช่วงชีวิตที่สั้น เมื่อทั้งสองฝ่ายถูกนำสู่สมรภูมิรบอย่างเต็มขั้นที่เป็นการตัดสินว่าสายพันธุ์ของใครจะเป็นผู้ครองโลก

ในภาคนี้เหล่าวานรยังคงสร้างอาณาจักรอยู่ที่ Muir Woods นอกเหนือจากสิ่งที่ห่อหุ้มวานร ซึ่งเต็มไปด้วย Simian Flu ระบาดไปทั่วที่กวาดล้างประชากรไปจำนวนมาก ความศิวิไลซ์ค่อยๆ เลือนลางจนจางหายไป ทั้งหมดเพียงเพื่อหวังให้มนุษยชาติถึงจุดย่อยยับ